มาร์กาเร็ต แฮมิลตัน (อังกฤษ: Margaret Hamilton) เป็นนักวิทยาศาสตร์คอมพิวเตอร์ วิศวกรระบบ และเจ้าของธุรกิจชาวอเมริกัน เธอเป็นหัวหน้าแผนกวิศวกรรมซอฟต์แวร์ของ MIT ซึ่งได้พัฒนาซอฟต์แวร์การบินบนเที่ยวบินสําหรับโครงการอวกาศอะพอลโลของนาซ่า ในปี 1986 เธอก่อตั้งบริษัทแฮมิลตันเทคโนโลยีในเคมบริดจ์, แมสซาชูเซตส์ บริษัทพัฒนาเกี่ยวกับ Universal Systems Language (USL) โดยยึดถือแนวคิดของเธอว่า "การพัฒนาก่อนความจริง" สำหรับการออกแบบระบบและซอฟต์แวร์แฮมิลตันได้ตีพิมพ์บทความเอกสารและรายงานกว่า 130 เรื่องเกี่ยวกับโครงการหกสิบโครงการและโครงการสำคัญหกโครงการ เธอเป็นคนหนึ่งที่มักให้เครดิตในการสร้างคำว่า "วิศวกรรมซอฟต์แวร์" เมื่อวันที่ 22 พฤศจิกายน 2016 แฮมิลตันได้รับรางวัลเหรียญอิสรภาพประธานาธิบดีจากประธานาธิบดีบารัค โอบามา สำหรับงานของเธอซึ่งนำไปสู่การพัฒนาซอฟต์แวร์การบินบนเครื่องบินสำหรับภารกิจดวงจันทร์อะพอลโลของนาซ่า